Hmmm.... jeżeli to ma związek z "wlezieniem w gumiakach" (przez przeglądarkę) na używany /dev/XXXX (choć jakoś ciężko mi to sobie wyobrazić) to można by za pomocą udev'u zmienić handle'a dla FTDI na inny (i odpowiednio zmienić ustawienia w używanych programach). Jednakowoż, jeśli to jakiś wredny bug w samym LIBie od FTDI - to problem jest znacznie głębszy.